Το Εργαστήριο Β' Χημικής Μηχανικής με επικεφαλής τον Επ. Καθ. Χ. Χατζηδούκα διαθέτει μακροχρόνια ερευνητική εμπειρία στις χημικές και βιοχημικές διεργασίες, στην αειφορία της λειτουργίας τους για την παραγωγή καινοτόμων προϊόντων (βιοπολυμερών και βιοχημικών προϊόντων) με επιλεγμένες ιδιότητες, και στην επίλυση σύνθετων τεχνολογικών προβλημάτων. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην ελεγχόμενη λειτουργία των παραγωγικών διεργασιών, στη δυναμική στην ταυτοποίηση των προϊόντων και την παρακολούθηση της εξέλιξης των ποιοτικών χαρακτηριστικών τους, καθώς και στην ανάπτυξη μιας στρατηγικής βελτιστοποίησης των ποιοτικών και ποσοτικών δεικτών απόδοσης των διεργασιών που μελετώνται. Το εργαστήριο διαθέτει εξοπλισμό και πειραματικές διατάξεις για μικροβιακές καλλιέργειες και φωτοσυνθετικές καλλιέργειες, για επεξεργασία και χαρακτηρισμό βιομάζας (μικροφυκών, λιγνοκυτταρινικής, μικροβιακής), για ενζυμικές αντιδράσεις υπό ελεγχόμενες συνθήκες και για την παραγωγή και χαρακτηρισμό βιοπολυμερών και βιοχημικών προϊόντων.